根据云南省第二次湿地资源调查数据公报，全省湿地总面积为56.35万公顷，其中，河流湿地24.18万公顷，湖泊湿地11.85万公顷，沼泽湿地3.22万公顷，人工湿地17.10万公顷。全省自然湿地面积为39.25万公顷。全省分布有湿地植物204科876属2274种，国家重点保护野生植物12种，其中国家Ⅰ级重点保护野生植物5种，国家Ⅱ级重点保护野生植物7种。云南特有种116种，中国特有种489种。全省记录到湿地脊椎动物5纲37目104科1006种。国家重点保护野生动物67种，其中国家Ⅰ级重点保护野生动物18种，国家Ⅱ级重点保护野生动物49种。云南特有种237种（鱼类207种，两栖类30种）。截止2014年底，全省有国际重要湿地4处，湿地类型的自然保护区17个，国家湿地公园11个，其中验收1处，试点10处。全省自然湿地受保护面积15.81万公顷，自然湿地保护率40.27%。